In een laboratorium opent Mewtwo zijn ogen en hij ziet een heleboel mensen in
witte jassen om zich heen. Het zijn de wetenschappers die hem tot leven hebben
gewekt. Ze hebben de cellen van Mew, de zeldzaamste Pokémon op aarde, genetisch
gemanipuleerd om zo de sterkste Pokémon ter wereld te maken. Mewtwo is in staat
om de mensentaal te spreken. De geboorte van Mewtwo is niet natuurlijk maar
kunstmatig. Mewtwo realiseert zich dat zijn geboorte niet natuurlijk is maar
kunstmatig. Hij raakt daardoor in de war en hij vernietigt het laboratorium.
Giovanni, de baas van Team Rocket, pikt Mewtwo op uit de smeulende resten van
het laboratorium en een tijd lang is Mewtwo min of meer zijn slaaf. Het mysterie
van zijn leven blijft echter door de gedachten van Mewtwo dwalen. Hij is
ontevreden over de manier waarop Giovanni hem behandelt, vernietigt de basis van
Team Rocket en vliegt er vandoor om alleen te zijn.
Aan de kust, in het grasland op een klif, wacht Ash op het eten dat Brock aan
het bereiden is. Pikachu ziet Togepi naar de rand van de klif waggelen en in
paniek sprint hij naar Togepi toe om hem te helpen. Togepi stopt op een
centimeter van de rand, terwijl Pikachu er vanaf valt. De klif is gelukkig niet
al te hoog. Togepi grinnikt als hij Pikachu naar boven ziet kruipen. Er komt een
jongeman voorbij die Ash uitdaagt voor een Pokémon gevecht. Ash vrolijkt
helemaal op en hij accepteert de uitdaging. Squirtle beruikt zijn bubbelstraal
om de Machamp van de jongen te verslaan. Bulbasaur wint vervolgens met zijn
zonnestraal van Donphan. De bliksemstraal van Pikachu is uiteindelijk krachtig
genoeg om alle drie de Pokémon van de jongeman te verslaan en Ash wint.
Plotseling komt er een Dragonite aangevlogen die een uitnodiging brengt. De
uitnodiging is voorzien van een holografisch bericht, waarin een mooie jonge
vrouw het verhaal vertelt. De afzender wil onbekend blijven maar de de jonge
vrouw introduceert hem als de sterkste Pokémon trainer ter wereld. Tevens
nodigt ze hen uit om mee te doen aan een Pokémon wedstrijd in het kasteel op
New Island. Ash besluit om de uitnodiging aan te nemen.
Ash en zijn vrienden arriveren bij de haven. Er woedt echter een zware storm
waardoor er geen schepen kunnen uitvaren. Ze komen tot de ontdekking dat er nog
veel meer trainers zijn die allemaal door de onbekende trainer zijn uitgenodigd.
Ook blijkt er jonge dokter van het Pokémon Center vermist te zijn. Sommige
trainers proberen de onstuimige zee te trotseren met behulp van hun vliegende of
zwemmende Pokémon. Ash en zijn vrienden hebben helaas geen Vlieg- of
Waterpokémon die daar sterk genoeg voor zijn, en even weten ze niet wat ze
moeten doen. Maar dan verschijnt er een boot met twee op vikings lijkende
personen die hun een overtocht aanbieden. Opgelucht gaan onze helden aan boord.
Door een hoge golf worden de helmen van de hoofden van de twee zeelui
weggeslagen. Tot verbazing van onze vrienden zijn het Jessie en James van Team
Rocket! Bij de volgende golf slaan ze allemaal van boord. Misty roept snel
Starmie op en Ash stuurt zijn Squirtle naar buiten. Ze houden zich goed aan
elkaar vast en ze laten zich meevoeren met de stroom.
Gelukkig spoelen ze aan op New Island. Even later, op een andere plek, bereikt
ook Team Rocket het eiland. Ash en zijn vrienden gaan het kasteel binnen. Er
zijn nog drie andere trainers die ook zijn gearriveerd op het eiland. De vrouw,
die was verschenen in de hologram, begroet iedereen en ze vertelt dat iedereen
zijn Pokémon moet vrijlaten. Iedereen is verbaasd als ze zien dat de onbekende
trainer niemand anders is dan Mewtwo, een tot nu toe voor hen onbekende
Pokémon. Als ze horen dat Mewtwo zichzelf een trainer noemt, worden twee
trainers woedend, want hij is maar een Pokémon. De mysterieuze jonge vrouw valt
plotseling flauw. Brock rent naar haar toe en houdt haar in zijn armen. Hij komt
tot de ontdekking dat de vermiste zuster is. De trainers sturen hun Pokémon af
op Mewtwo, maar Mewtwo weet ze eenvoudig te verslaan. Dan neemt Mewtwo de
trainers mee naar een wedstrijdveld.
Team Rocket, dat niet uitgenodigd was, weten ook het kasteel binnen te komen. Ze
hebben niet in de gaten dat ze gevolgd worden door Mew. Ze vinden een
laboratorium met grote glazen cylinders. In sommige van die cylinders zit een
slapende Pokémon. Terwijl ze onderzoekend rondlopen, wordt Meowth gevangen door
een paar mechanische armen en op een transportband gezet. Hij worstelt om los te
komen, waarbij hij geholpen wordt door Jessie en James. Uiteindelijk lukt het
Meowth om te ontsnappen. De mechanische armen hebben echter wel drie haren uit
zijn staart getrokken. De computer gaat aan en beschrijft allerlei informatie
over de genen van Meowth. Plotseling verschijnt er een kloon van Meowth in één
van de lege cylinders. Het hele laboratorium is uiteraard opgezet door de zeer
intelligente Mewtwo. Het is hem gelukt om Pokémon te klonen en ze sterker te
maken dan het origineel. En het zijn niet alleen maar kopieën, ze leven ook
echt. Venusaur, Charizard en Blastoise komen uit de clylinders te voorschijn en
ze gaan naar het wedstrijdveld, omdat Mewtwo hen telepatisch roept. Mewtwo, die
een Psychopokémon is, weet dat Sorao, één van de trainers een Venusaur heeft,
dat Sweet een Blastoise traint, en dat Ash een Charizard heeft. Mewtwo wil
bewijzene dat zijn klonen beter zijn dan de originelen. Het is zijn wraak op de
mensheid voor zijn geboorte en te zijn gebruik door de mens. De klonen beginnen
te vechten en laten zien dat ze enorm sterk zijn. Ze verslaan de originelen en
de trainers zijn teleurgesteld.
De wraak van Mewtwo eindigt hier echter niet. Psychische ballen van energie
vliegen over het veld op weg naar de originele Pokémon. Alle originele Pokémon
worden gevangen door deze ballen, behalve Pikachu die, geholpen door Ash, op de
vlucht slaat. Tientallen ballen zitten achter Pikachu aan. Hij is doodsbang,
rent voor zijn leven, vuurt elektrische schokken af, maar uiteindelijk wordt ook
Pikachu gevangen. Ash rent achter de wegvliegende bal aan. Team Rocket is nog
steeds in het laboratorium en zien hoe de ballen naar binnen vliegen. De
mechanische handen pakken de ballen en de computer analyseert de genen van de
Pokémon die er in zitten. Elke keer wordt er een perfecte kopie gecreëerd. Ook
de bal met Pikachu arriveert en Ash rent er nog steeds achter aan.
De mechanische arm grijpt de bal en ook Ash pakt de bal. Ash trekt uit alle
macht aan de bal. De machine begint te vonken en te roken en Pikachu wordt door
de machine uitgespuugd. Pikachu is weer veilig en Ash neemt hem in zijn armen.
Mewtwo roept de klonen op om naar het wedstrijdveld te komen. Ash en Pikachu
volgen samen met alle originele Pokémon. Dan zien ze een kleine, oplichtende
Pokémon. Het is Mew! Met gemengde gevoelens aanschouwd Mewtwo de Pokémon
waarvan hij een kloon is. Eindelijk kan hij vechten tegen zijn origineel om te
bewijzen dat hij beter is. Terwijl Mewtwo en Mew vechten, beginnen ook de andere
originele Pokémon met hun klonen te vechten. Ook de kopie van Pikachu
verschijnt. Hij staart naar de originele Pikachu en gaat achter hem aan. Maar
Pikachu verzet zich niet want hij wil niet tegen zichzelf vechten. De kloon
ropet naar hem en daagt hem uit, "pika, Pikachu! (Vecht tegen me!)"
Pikachu schud zijn hoofd en weigert om terug te vechten. Tranen wellen op uit de
ogen van de kloon maar hij kan niet stoppen met vechten. Huilend gaat de kloon
door met slaan. Tenslotte is de kloon uitgeput en hij stort in elkaar. Pikachu
gaat naar hem toe en houdt hem zachtjes vast.
Ash, die met afschuw naar alle vechtende Pokémon kijkt, kan er niet meer tegen.
Hij stormt op de plek af waar Mew en Mewtwo vechten en schreewt, "Stop met
vechten!" Op dat moment vuren Mew en Mewtwo hun krachtige psychische
energieballen af. Ze raken Ash en gillend valt hij op de grond. Alle Pokémon,
inclusief Mew en Mewtwo, staan stil en kijken toe. "Pikapi! (Ash!)"
roept Pikachu en hij gaat naar Ash toe en kijkt naar hem. Het lichaam van Ash
begint te verstijven. Pikachu probeert hem met elektrische schokken weer tot
leven te wekken, maar Ash blijft doodstil liggen. Pikachu probeert het nog een
keer, en nog een keer, totdat hij doodmoe neervalt. Ash ligt nog steeds doodstil
op de grond. Er verschijnen tranen in de ogen van Pikachu en ze rollen over
wangen en vallen op de grond. Ook de andere Pokémon, zowel de originelen als de
klonen, beginnen te huilen. Hun tranen bereiken Ash en langzaam komt Ash weer
tot leven. Pikachu omarmt hem en Ash omarmt Pikachu.
Mewtwo roept via telepatie de klonen terug en ze zweven door de lucht. Hij kan
nu geloven in een waardevol leven en vertrekt om te zoeken naar een plek waar
hij met zijn klonen kan leven. Ash, Pikachu en de rest kijken toe als ze er
vandoor gaan en ze krijgen zelfs medelijden met Mewtwo. Mewtwo gebruikt nog wel
zijn psychische krachten om iedereen te laten vergeten wat er is gebeurd. Als
Ash weer wakker wordt, is hij met zijn vrienden op weg naar de haven. De andere
trainers zijn daar ook. Niemand herinnert zich de gebeurtenissen op het eiland.
De storm is voorbij en even later is zee weer rustig en kalm en schijnt het
zonnetje.